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Struktur und Funktion Acetylcholin bindender Proteine / von Jens Krüger. 2006
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Inhaltsverzeichnis
1. Einleitung
1.1 Aufbau der cholinergen Synapse
1.2 Alzheimer'sche Demenz
1.3 Therapieansätze
1.4 AChE
1.5 AChBP
1.6 nAChR
1.7 allosterisch potenzierender Effekt
1.8 beta-Amyloid
2. Aufgabenstellung
3. Synthese und Isotopenmarkierung photolabiler Liganden
3.1 Photoaffinitätslabeling
3.1.1 Synthese von Photogalanthamin
3.1.2 chemische Eigenschaften
3.2 Isotopenaustauschmethoden
3.2.1 Iridium katalysierter H/D Austausch
3.2.2 Isotopenmarkierung durch Carbamatreduktion
4. Acetylcholinesterase
4.1 Inhibierung AChE
4.2 Docking
4.2.1 Positionierung
4.2.2 Score
4.2.3 RMSD
4.2.4 Bindungsenergie
4.2.5 Predictive Index
4.2.6 Galanthamin in 1DX6 und 1QTI
4.3 Docking AChE
4.4 LIE AChE
4.5 LIE Trypsin
5. Acetylcholin bindendes Protein
5.1 essentielle Dynamik AChBP
5.1.1 PCA
5.1.2 Konformationsgeneration
5.1.3 Eigenwerte und -vektoren
5.1.4 Bewegungsmuster
6. nikotinischer Acetylcholinrezeptor
6.1 allosterisch potenzierende Wirkung
6.2 Markierung nAChR
6.3 Lokalisierung von Markierungen
6.4 MD nAChR
6.4.1 Agonist Bindung
6.4.2 APL Bindung
6.4.3 Dichteprofile
6.5 Permeation
6.5.1 Homologie Modell
6.5.2 gesteuerte Bewegung
6.5.3 Vergleichssysteme
6.5.4 Kraft- und Energieprofile
6.5.5 Porendurchmesser
6.6 essentielle Dynamik nAChR
7. Pharmacophor
7.1 Aktivitätsbewertung
7.2 Alignment
7.3 Pharmacophor
7.4 Datenbanksuche
7.5 APL-Aktivität
8. Amyloid
8.1 MD Simulationen
8.2 Solvenzoberfläche
9. Zusammenfassung und Ausblick
10. Durchführung und Experimente
10.1 Synthese von Photogalanthamin
10.2 Iridium katalysierter H/D-Austausch
10.3 Carbamatreduktion
10.4 Proteinmarkierung
10.5 Elektrophorese
10.6 Ellman-Test
10.7 Peptidanalyse
10.8 APL-Aktivität
11. Simulationen
11.1 Docking
11.2 Homologie Modelling
11.3 Molekular Dynamik
11.4 CONCOORD - PCA
11.5 HOLE
11.6 GRIDCOUNT
11.7 Pharmacophor
Literaturverzeichnis
Abkürzungen
Liste der Verbindungen
Topologien
Publikationen
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